Tờ Mercury News có trang Web chính tại mercurynews.com, sjmercury.com, hoặc sjmn.com. Trang SiliconValley.com tập trung vào ngành kỹ thuật tại Thung lũng Điện tử. Tờ cũng xuất bản Good Morning Silicon Valley, một thư tin tức buổi sáng qua thư điện tử, về tin tức kỹ thuật. Các ứng dụng "Mercury News" và "e-Edition" có sẵn cho các thiết bị Android và iOS, cũng như cho Kindle Fire và Barnes & Noble Nook.[59][60]

Dịch vụ Mercury Center ban đầu trên America Online. Tuy các tính năng cần đăng ký mua được nhiều người dùng ưa thích, như "News Library" (Thư viện Tin tức), Mercury Center làm nổi nội dung từ tờ báo giấy, như bài tin tức và thể thao.[44]

Tờ Mercury News là một trong những nhật báo Mỹ đầu tiên có dịch vụ trực tuyến và là nhật báo đầu tiên cung cấp bài báo đầy đủ và tin nóng trực tuyến. Năm 1990, biên tập viên Robert Ingle gửi bản báo cáo cho Tony Ridder, lúc đó là chủ Knight Ridder, về tương lai của công ty về phương tiện điện tử sau khi Viewtron bị thất bại bốn năm trước. Ông Ingle đề nghị cung cấp dịch vụ trực tuyến Mercury Center (Trung tâm Mercury) sử dụng nội dung tờ báo để hội họp các cộng đồng quan tâm (community of interest).[44] Dịch vụ này mở cửa trên dịch vụ America Online (AOL) ngày 10 tháng 5 năm 1993, tại từ khóa AOL MERCURY. Đây là dịch vụ tin tức thứ hai trên AOL, sau khi tờ Chicago Tribune mở Chicago Online (Chicago Trực tuyến) năm 1992.[38][45][61]

Tờ báo gửi các ổ đĩa mềm cho những người mua báo để giúp họ truy cập Mercury Center. Dịch vụ có rất nhiều nội dung miễn phí: cùng nội dung với tờ báo giấy, các phương tiện bổ sung như tài liệu và đoạn âm thanh, giá cả chứng khoán, và vào khoảng 200 bài tin mà tờ báo giấy không có đủ khoảng cách để in. Một diễn đàn cho phép độc giả trò chuyện với nhau và gửi phản hồi cho các phóng viên. Tuy nhiên, những người dùng ưa thích các tính năng chi phí nhiều hơn: kho lưu trữ các số từ 1985 trở về sau và dịch vụ trích dẫn bài báo "NewsHound" đều được những người dùng kinh doanh ưa thích.[44][62] Độc giả có thể nhập các mã số xuất hiện trong tờ báo giấy để nhanh chóng truy cập các bài tin chỉ có sẵn trực tuyến. Ví dụ có thể nhập N620 để đọc một bài trong phần tin tức hoặc B770 để đọc một thông cáo báo chí trong phần thương mại. Các nhân viên Mercury Center bao gồm cả nhà báo và những "người gửi" đăng các thông cáo báo chí bên cạnh nội dung chất lượng cao của phóng viên.[63]

Ban đầu, dịch vụ khó thu hút người dùng, nên tờ báo thiết lập số điện thoại và điện thư với tên News Call vào tháng 11 năm 1993. Tính đến đầu năm 1994, Mercury Center đã thêm 5.100 người dùng vào AOL, tức không tới 20% của 30.000 người dùng AOL trong Khu vực vịnh San Francisco và không tới 2% của 282.488 người mua tờ Mercury News hàng ngày.[63][64]

Tháng 12 năm 1994, tờ Mercury News bắt đầu thử nghiệm beta một trang Web với tên Mercury Center Web;[45] trang này trở thành trang Web tin tức đầu tiên của nước Mỹ khi chính thức mở cửa ngày 20 tháng 1 năm 1995.[65] Những người dùng không còn phải trả phí AOL để truy cập nội dung trực tuyến của tờ, và tờ không còn phải chia sẻ doanh thu quảng cáo với AOL.[44] Trang Web chạy trên máy chủ Netsite do Netscape phát triển, và hãng Netcom cung cấp dịch vụ Internet.[64] Người dùng phải trả 4,95 đô la Mỹ hàng tháng để truy cập trang, nhưng họ hạ giá cho những người cũng mua tờ báo giấy. Tháng 10 năm 1995, CareerBuilder.com mở cửa do các tờ Boston Globe, Chicago Tribune, Los Angeles Times, Mercury News, New York Times, và Washington Post tham gia. Mercury Center đóng cửa dịch vụ AOL vào tháng 7 năm 1996 để tập trung vào trang Web.[44]

Tháng 8 năm 1996, tờ Mercury News xuất bản sê-ri bài "Dark Alliance", trong đó phóng viên Gary Webb cho rằng CIA dính líu buôn lậu cocain (xem § Tranh luận). Tờ quảng cáo sê-ri trên các nhóm tin tức Usenet vài tuần trước tiên. Mercury Center xuất bản các bài tin và tài liệu bổ sung trực tuyến cùng lúc với tờ báo giấy. Phiên bản trực tuyến có lượng cao và thu hút nhiều quan tâm từ khắp nước Mỹ. Trong vài ngày, hơn 2.500 trang đã đặt liên kết đến phần "Dark Alliance" của Mercury Center, và trong thời gian vài tuần, trang Web đạt 100.000 lượt xem trang hàng ngày hơn số lượt xem bình thường. Biên tập viên Jerry Ceppos cuối cùng phải cách biệt tờ báo khỏi sê-ri vì các câu hỏi về sự chính xác của nó, nhưng nó vẫn tiếp tục thu hút quan tâm trên Web, nhất là do những người đưa ra thuyết âm mưu trực tuyến.[66]

Ngày 26 tháng 10 năm 1999, nhà bình luận kỹ thuật Dan Gillmor bắt đầu viết blog có tên eJournal trên trang SiliconValley.com của tờ báo. Blog này được coi là blog đầu tiên do một nhà báo viết.[67][68] Vào những năm 2000, các nhà bình luận Tim Kawakami và John Paczkowski cũng viết blog cho tờ báo.

Người ta có thể tìm kiếm miễn phí các bài báo từ tháng 6 năm 1985 trên trang Web của tờ Mercury News. Văn bản đầy đủ có sẵn trong các cơ sở dữ liệu chi phí NewsLibrary và NewsBank.[69] NewsBank cũng có văn bản đầy đủ của các bài báo từ 1886 đến 1922. Trang của Thư viện Công cộng San José có hàng ngàn bài trích dẫn từ 1920 đến 1979.[70] Phần lớn blog eJournal của ông Gillmor được lưu trữ trên trang Bayosphere.[68][71]